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En 1972 el Padre Rant, entonces párroco de San Juan Bosco, autorizó a Doña Francisca L. de Taborda a dar catequesis en su casa de Rodó 1885. Así, el 8 de marzo se inicia la preparación para la primera Comunión de ocho chicos, a cargo de la señora Francisca y su hija Isabel. Vecinos del lugar como Guillermo y Raquel Lanusse, presidentes de la Junta de San Juan Bosco, le ayudaron en esta misión. En junio del mismo año Raquel se encargó de la preparación a la Confirmación de un grupo de jóvenes, y coordinó las reuniones de madres juntamente con Francisca.
El 23 de septiembre, el P. Rant celebró la Santa Misa, por primera vez, en ese lugar. El 26 de noviembre, en la sede parroquial de San Juan Bosco, recibieron la Confirmación 16 jóvenes en la sede parroquial y el 24 de diciembre tomaron la primera Comunión 29 chicos.
En 1973. Se construyen en la casa de los Taborda dos cuartos para dar cabida, por turnos, a los numerosos inscriptos en catequesis. Ya hay ocho catequistas. Además se imparten clases de corte y confección, se abre el Centro de alfabetización (DINEA) dirigido por la señorita Analía Vázquez. El 9 de junio se inauguran los salones. A partir de esa fecha continúan celebrándose la Misa todos los domingos. Colaboraron los padres salesianos Luis Abraham, Matías Horn y Ernesto Coelho. El 15 de septiembre se concreta la compra del terreno lindero, en la intersección de las calles José Ingenieros y Rodó. Tiene apenas 293 m2.
El 24 de mayo de 1974,fiesta de María Auxiliadora, Mons. Antonio Pereyra, delegado del Obispo, bendijo la piedra fundamental. Después comenzó la construcción de la capilla y vivienda para el sacerdote, proyectadas por los arquitectos Alberto y Carlos Ricur.
El 24 de septiembre de 1975, fiesta de N. S. de la Merced, se celebró la primera Misa bajo el techo y ya con las paredes.
El Templo se puso bajo la advocación de Nuestra Señora de la Merced, porque de las seis primeras catequistas que venían de San Juan Bosco, tres, se llamaban Mercedes y las otras tres, tenían hijas con ese nombre. En la Semana Santa de 1976 fue designado como encargado de la Capilla el P. Ernesto A. Coelho, Vicario parroquial de San Juan Bosco. Además de las misas de fin de semana, se celebraron también los primeros viernes y los 24 de cada mes. Dos veces por semana se atendía el despacho; se administraron bautismos y se celebraron bodas. El Obispo había autorizado la apertura de ambos libros. En los meses siguientes se concretaron varias actividades importantes, como un cursillo de impacto para señoras, reuniones para padres y madres de los niños de Catequesis; se participó en la peregrinación diocesana a Luján el 6 de septiembre; el día 12 del mismo mes Mons. Justo Oscar Laguna administró por primera vez la Confirmación a 38 personas. La proximidad de las fiestas patronales llevó al párroco a dar un ritmo más acelerado a la terminación de las obras: el altar construido en cemento blanco, adornado con las tallas de los cuatro evangelistas, obra del Hno. Salesiano Riva; la pintura exterior de la capilla y la vivienda para el sacerdote. También se realizó una magnífica kermesse, preparada por un grupo de asiduos cooperadores. Su animadora fue Flora Digennaro de Presentado. El día de la Patrona fue solemnizado por la procesión de la imagen, donada por la iglesia Catedral; procesión que, saliendo de la sede parroquial, fue aumentando en número a medida que marchaba por las avenidas Juan S. Fernández y Sucre y la calle Riobamba. Una fecha realmente para recordar: la nueva Capilla ya podía albergar a la Virgen de la Merced. Las fiestas de la Inmaculada y Navidad fueron distinguidas por las primeras Comuniones.
El 31 de enero de 1977 se hizo cargo de la Capilla N. S. de la Merced, el P. Manuel Montes, del clero diocesano. El Obispo, después de alentar esta obra durante esos años, reconoció la existencia de "una comunidad importante para atender espiritualmente" y así el Centro Misional se transformó en Vicaría (25 de julio de 1977).
El 11 de diciembre de 1978 fue nombrado vicario el P. Manuel García García. En un informe del 18 de diciembre se presentan las siguientes actividades:
Misas: una por día, tres los días de precepto. Bautismos: entre 4 y 10 personas los primeros sábados. Matrimonios: casi no hay. Catequesis: 12 grupos con un total de 70 niños. Asociaciones: Conferencia Vicentina, grupos de evangelio, grupo de Jóvenes. Asociación Pro-Templo: 150 socios.
El 15 de noviembre de 1983, el Obispo Jorge Casaretto erigió la Parroquia Ntra. Sra. de la Merced, fijándole estos límites: calles Uruguay, Sucre, Tomkinson y Blanco Encalada. El 29 de noviembre asume como párroco el P. Manuel García García. En 1984. El 3 de julio se fijaron nuevos límites para la parroquia. Vías del Ferrocarril General Bartolomé Mitre y calles Sucre, Tomkinson y Blanco Encalada. El 7 de septiembre de 1985 se realizó la Primera Asamblea Parroquial. Se hizo un estudio sobre la realidad circundante, un censo orientador y un plan de trabajo para enfocar lo apostólico de esos datos. Dentro de los límites vivían 4.940 personas. El párroco Manuel García García inicia la construcción de la nueva sede parroquial en la calle Julián Navarro 3546. Finalización y bendición.
El 31 de octubre de 1994, en La Falda, Córdoba, muere el P. Manuel. Transitoriamente la parroquia queda a cargo del P. Alberto Espezel, que se venía desempeñando como vicario parroquial. En 1995. El Obispo Mons. Jorge Casaretto, designó al P. Ramón Morcillo párroco de Nuestra Señora de la Merced. El 31 de marzo de 2001 el Obispo nombra párroco al P. Sergio Pablo Beliera.
El 6 de marzo de 2005 comienza la adoración permanente al Santísimo Sacramento.
El 16 de noviembre de 2008, Mons. Casaretto bendice la obra finalizada de los salones parroquiales.
En marzo de 2011 asume como párroco el P. Carlos Avellaneda.
Desde el año 2014 la capilla Cristo Redentor comienza a ser atendida pastoralmente por el P. Avellaneda y se integra a la pastoral parroquial de La Merced.
El 23 de abril de 2014 un incendio que afecta gravemente la estructura y el techo del templo. Inmediatamente se inicia la reconstrucción y el domingo 28 de septiembre el actual obispo de San Isidro, Monseñor Oscar Ojea, bendice el templo remodelado y consagra su altar.
En febrero de 2018 Monseñor Ojea bendice el templo y consagra el altar de la nueva capilla Cristo Redentor.
El 11 de marzo de 2018 el Padre Hernán Bonsembiante asume como nuevo párroco de La Merced.